Jepang merupakan negara pertama yang memasarkan produk makanan fungsional sekitar awal tahun 80-an. Sejak saat itu pemasaran makanan fungsional menunjukkan peningkatan cukup pesat terutama dalam kurun waktu 15 tahun terakhir. Hal ini disebabkan makanan fungsional sangat menjajikan berbagai harapan bagi semua pihak mulai dari produsen, pemerintah sampai kepada konsumen. Bagi konsumen, makanan fungsional menguntungkan karena makanan ini dapat mencegah berbagai jenis penyakit misalnya PJK dan penyakit kardiovaskuler lain, kegemukan, hipertensi, diabetes mellitus, kanker, serta dapat menigkatkan sistem kekebalan tubuh, memperlambat proses penuaan dan meningkatkan penampilan fisik. Bagi pemerintah, makanan fungsional menguntungkan karena dapat menurunkan biaya yang diperlukan untuk memelihara kesehatan rakyatnya yang makin membengkak akibat perubahan gaya hidup terutama pola makan yang berubah. Bagi produsen atau industri pangan, makanan fungsional memberikan kesempatan secara inovatif untuk mengembangkan dan memformulasikan produk yang mempunyai nilai tambah, baik bagi masyarakat secara luas maupun untuk segmen pasar atau masyarakat tertentu. Agar sukses di pasaran maka makanan fungsional harus menarik penampilannya, rasanya enak dan dapat diterima oleh konsumen serta klaim kesehatan yang disebutkan harus dan telah dibiktikan secara ilmiah. Satu yang perlu diperhatikan oleh produsen bahwa makanan fungsional yang ditawarkan jangan sampai terlalu mahal untuk dijangkau oleh mereka yang berpendapatan rendah, sehingga diharapkan dapat memberikan kontribusi bagi kesehatan masyarakat secara merata.
Saat ini makanan fungsional yang beredar di pasaran tidak hanya makanan yang mengandung probiotik atau prebiotik saja, tetapi juga mengandung sinbiotik. Konsep sinbiotik dikemukan oleh Gibson dan Roberfroid (1995) yang berarti gabungan probiotik dan prebiotik yang memberikan efek menguntungkan dengan cara meningkatkan kelangsungan hidup dan implantasi mikroba hidup dari diet di dalam saluran pencernaan, dan menstimulasi secara selectif pertumbuhan dan/atau mengaktifkan metabolisme satu atau sejumlah terbatas bakteri menguntungkan sehingga tercapai kondisi kesehatan tubuh yang optimal.
Beberapa contoh makanan yang fungsional yang telah dipasarkan di Jepang antara lain FibeMini, suatu minuman yang mengandung serat larut polidekstrosa; Bikkle, suatu produk yang mengandung bakteri Bifidobacterium, Ca, oligosakarida, serat makanan dan ekstrak teh; produk susu yang ditambahkan beta-karoten, confectionary dan roti, produk yang mengandung Aloe vera dan Amarant; berbagai jenis produk susu fermentasi serta berbagai produk-produk kembang gula dan coklat yang mengandung Bifidobacterium. Di Eropa telah dipasarkan berbagai jenis produk susu yang mengandung probiotik misalnya Biogarde dan Lunebest-Spesial Yogurt dan Bifighurt di Jerman; Biokys di Ceko, Cultur di Denmark. Di Amerika Serikat dipasarkan berbagai jenis makanan yang diperkaya dengan serat. Di Indonesia makanan/minuman fungsional yang marak dipasaran adalah minuman berenergi, minuman isotonic, minuman berflavor buah-buahan yang ditambahkan Ca, beta-karoten, vitamin C dan vitamin E; susu dan produk susu misalnya yogurt dan Yakult, susu rendah lemak yang mengandung serat larut serta susu bubuk yang diperkaya dengan Ca, susu yang difortifikasi sinbiotik misalnya PediaSure; minuman rendah kalori yang berflavor jeruk dan mengandung frukto-oligosakarida, serat dan Bifidobacterium.
Penelitian dan pengembangan makanan fungsional sedang dan akan akan terus dilakukan seiring dengan kesadaran konsumen yang semakin peduli terhadap kesehatannya. Dengan demikian diharapkan akan muncul inovasi baru bagi industri untuk memproduksi berbagai jenis makanan fungsional. Makanan fungsional yang mempunyai prospek menjanjikan untuk diproduksi komersial di masa datang antara lain:
- Makanan untuk Penyakit Khusus (Disease-specific Foods). Makanan fungsional ini diformulasi sedemikian rupa sehingga mempunyai efek profilaktik dan terapeutik untuk pencegahan, perawatan dan pengobatan penyakit khusus.
- Makanan Khusus bagi Kelompok Berisiko (Risk Group Specific Foods). Makanan fungsional ini dibuat untuk mengurangi resiko yang muncul bagi kelompok yang sangat rentan terhadap komponan/senyawa tertentu dalam suatu makanan.
- Makanan untuk Mengurangi Efek Penuaan (Foods to Reduce the Effects of Aging). Makanan fungsional ini dibuat untuk mengurangi laju penuaan dan memperbaiki penyakit non-fatal yang muncul akibat proses penuaan pada manusia.
- Makanan untuk Kebugaran Fisik (Physical Performance Foods). Makanan fungsional ini dirancang untuk meningkatkan atau mempertahankan fisik/tubuh dalam kondisi prima untuk melakukan aktivitasnya
- Makanan untuk Kebugaran Mental (Mental Performance Foods). Makanan fungsional ini dirancang untuk meningkatkan atau mempertahankan kondisi mental yang prima dalam melakukan aktivitasnya
- Makanan untuk Ketenangan Jiwa (Mood Foods). Makanan fungsional ini dirancang untuk menghilangkan stres dan mempertahankan suasana hati dan perasaan dalam keadaan tenang.